Nei precedenti articoli Credito di imposta Ricerca e Sviluppo – R&S e Agenzia delle Entrate e Riversamento credito Ricerca e Sviluppo: nuova finestra entro il 3 giugno 2025 abbiamo analizzato la tematica degli atti di recupero e degli accertamenti da parte dell’Agenzia delle Entrate in materia di Ricerca e Sviluppo.
Il 1° luglio 2025, il Ministero dell’Economia e delle Finanze (MEF) ha pubblicato l’Atto di indirizzo che finalmente distingue in modo netto tra crediti d’imposta “inesistenti” e “non spettanti“. Questo chiarimento è cruciale per imprese e professionisti, soprattutto nel contenzioso legato alla ricerca e sviluppo (R&S) negli anni 2015-2019.
Crediti d’imposta inesistenti e crediti non spettanti: perché serve distinguere
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Credito d’imposta inesistente
Si tratta di crediti che non avrebbero mai dovuto esistere, perché privi dei requisiti oggettivi o soggettivi stabiliti dalla normativa primaria o da fonti secondarie richiamate. Inclusi quelli derivanti da falsificazioni o artifici fraudolenti.
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Credito d’imposta non spettante
Questi crediti hanno formalmente i requisiti previsti, ma sono stati utilizzati in violazione delle modalità stabilite, oltre i limiti, o senza rispetto di specifici adempimenti. Alternativamente, manca un requisito tecnico non indicato espressamente nella norma.
Il ruolo decisivo dei manuali tecnici nella R&S
Fino ad oggi, molte contestazioni dell’Agenzia delle Entrate si basavano sull’assenza di “innovatività” secondo i parametri del Manuale di Frascati, applicato anche retroattivamente.
Il MEF, con l’atto di indirizzo del 1° luglio 2025, ha chiarito che tali fonti tecniche, non richiamate espressamente da leggi o decreti, non legittimano una contestazione di inesistenza, ma eventualmente una di non spettanza.
Termini di accertamento e sanzioni a confronto
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Le sanzioni amministrative
La distinzione tra crediti d’imposta inesistenti e non spettanti produce conseguenze molto rilevanti anche sotto il profilo dei termini di accertamento e dell’entità delle sanzioni applicabili.
- Nel caso dei crediti inesistenti, il legislatore ha previsto un regime particolarmente severo: la sanzione tributaria può arrivare a circa il 70% dell’importo indebitamente compensato, con possibilità di aggravarsi fino al doppio in presenza di condotte fraudolente.
Inoltre, il termine di decadenza per l’azione di recupero da parte dell’Amministrazione finanziaria è esteso fino a otto anni, ampliando notevolmente la finestra temporale entro la quale il Fisco può contestare l’agevolazione.
- Per i crediti non spettanti il quadro sanzionatorio è più attenuato.
In assenza di frodi, la sanzione ordinaria si aggira intorno al 25% dell’importo, e in taluni casi può ridursi a una misura fissa di 250 euro.
Anche il termine di decadenza per l’attività accertativa è più ristretto: l’Amministrazione può contestare tali crediti entro il 31 dicembre del quinto anno successivo a quello in cui è stata effettuata la compensazione.
Questa differenza sostanziale evidenzia quanto sia importante qualificare correttamente la natura del credito d’imposta contestato: la riqualificazione da “inesistente” a “non spettante” non solo riduce sensibilmente il rischio sanzionatorio, ma può determinare la decadenza del potere di accertamento dell’Agenzia delle Entrate, rendendo inammissibili molti atti di recupero notificati oltre i termini di legge.
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Le sanzioni penali
Oltre alle sanzioni amministrative, la compensazione indebita di crediti d’imposta può integrare una rilevanza penale in base all’articolo 10-quater del D.Lgs. n. 74/2000, recentemente ridefinito dal D.Lgs. 87/2024.
- Nel caso di crediti inesistenti, la legge prevede una pena che va dalla reclusione da 1 anno e 6 mesi fino a 6 anni, qualora l’importo annuo delle somme indebitamente compensate superi 000 €.
- Per i crediti non spettanti, la pena è significativamente più lieve: si tratta di reclusione da 6 mesi a 2 anni, sempre entro la soglia di 000 € annui.
Inoltre, è prevista una esclusione di punibilità – cioè una causa di non punibilità – qualora sia presente una incertezza normativa oggettiva sulla spettanza del credito.
È il caso di rilevare che, in alcune situazioni, l’impiego di documentazione falsificata o la natura fraudolenta della condotta può integrare il reato anche sotto altri profili, per esempio quelli previsti dall’art. 316-ter c.p. (“indebita percezione di erogazioni a danno dello Stato”)
Il caso specifico del periodo 2015–2019: R&S e Manuale di Frascati
Per i crediti di imposta R&S maturati tra 2015–2019, il TAR Lazio, con sentenza n. 15039 del 29 luglio 2025, ha stabilito che i principi del Manuale di Frascati non possono retroagire e quindi non possono essere utilizzati come base normativa per negare un credito.
Strategie difensive per imprese e professionisti
- La documentazione tecnica a supporto dei progetti R&S è fondamentale per dimostrare il rispetto dei presupposti normativi e giustificare la spettanza del credito.
- La certificazione tecnica (art. 23, comma 2, DL 73/2022), rilasciata da professionisti qualificati, funge da scudo preventivo: protegge da contestazioni fondate su violazioni tecniche, purché non costruite su frode.
- Inoltre, per i crediti non spettanti, la necessità di un contraddittorio preventivo (art. 6-bis, Legge n. 212/2000) comporta l’obbligo per l’Agenzia delle Entrate di notificare uno schema d’atto prima di procedere, a pena di annullabilità, aumentando le possibilità difensive.
Conclusione: l’importanza di una lettura strategica e aggiornata
L’Atto di indirizzo del 1° luglio 2025 e le nuove definizioni legislative (D.lgs. n. 87/2024) offrono oggi maggiori certezze rispetto al passato, riducendo l’arbitrarietà delle contestazioni, in particolare per i crediti d’imposta R&S.
Le imprese coinvolte nel quinquennio 2015–2019 e i loro consulenti dovranno riallineare le strategie difensive:
- Puntare sulla certificazione tecnica e una documentazione puntuale.
- Capitalizzare la qualificazione del credito come non spettante anziché inesistente.
- Valutare eventuali interventi in autotutela su atti già adottati, coerenti con la nuova interpretazione
